إن للبحر المتوسط تاريخ جيولوجي قديم كما أن أغلب الكائنات البحرية التي تعيش اليوم في البحر المتوسط تعتبر أطلسية المنشأ ويُشارُ اليوم إلى هذه الكائنات بالأنواع المتوسطية الأهلية.

إن التنوع الحيوي الكبير نسبياً صفة مميزة للبحر المتوسط ويتجلى ذلك في أنه بمساحته التي تقل 1% من مساحة محيطات العالم ويُؤوِي 8565 نوعاً من مُجمَل الأنواع البحرية ما يساوي 6.5% من مجمل الأنواع البحرية الموجودة في العالم , فعلى سبيل المثال تشكل الأسماك الغضروفية والعظمية % 9.5 و % 4.1 على التوالي من العدد الكليّ للأنواع المعروفة منها عالمياً. كذلك يعيش في البحر المتوسط % 18.4 من ثدييات العالم البحرية و % 8.6 من الزواحف البحرية و % 5.6 من اللافقاريات البحرية و % 16.9 من الطحالب والنباتات البحرية. ويعود هذا الثراء ربما إلى العديد من الأسباب التاريخية والبيئيّة أو إلى عوامل ذات علاقة بالجغرافيا القديمة.